31 år senere – 2019. Forberedelsene for det kommende årets olympiske leker gir tilbakeblikk til Neo Tokyos tidligere storhetstid, megalopolen som er bygget oppå Tokyo-bukta. Kaneda, lederen av den selvtektende bōsōzoku-gjengen, har skapt kaos på motorsykkelen sin gjennom de øde gatene i Neo Tokyo. En kveld krasjer en av hans gjengkamerater, Tetsuo, inn i et særegent subjekt av et regjeringseksperiment. Like foran uvitende Kaneda og gjengen hans, blir Tetsuo og den særegne gutten tatt til militærets laboratorium. For å redde Tetsuo prøver Kaneda å bryte seg inn i militæranlegget, men her møter han på Tetsuo som har fått overnaturlige krefter. Samtidig forutser ett av eksperimentets subjekter i det spesielle Baby Room i laboratoriet, oppvåkningen til ‘Top Secret = AKIRA’. For å utforske mer rundt sine nylig ervervede krefter tar Tetsuo fatt på en reise dypt i undergrunnen der AKIRA ligger i dvale.